Se piensa que el nombre de Guaqui proviene del canto de un ave zancuda que vive en la zona del Titicaca, la wacana, que emite un graznido similar a un wac, wac, wac.

Estas tierras a orillas del lago Titicaca cuentan un sinfín de historias: a pocos kilómetros del núcleo urbano tuvo lugar, el 20 de junio del 1811, la célebre batalla que enfrentó al ejército del virreinato del Perú con las fuerzas armadas libertadoras de la Expedición Auxiliadora del Alto Perú, que habían partido desde Argentina en el intento frustrado de liberar estas tierras del yugo colonial; pocos años después por aquí pasó el Mariscal Sucre en su marcha triunfal hasta La Paz.

Durante décadas, gracias al ferrocarril, Guaqui prosperó y se convirtió en uno de los principales nudos de comunicación del país. Hoy en día la recuperación y la valorización de este patrimonio histórico es bien visible en los espacios museales que recientemente se han habilitado en la localidad.