Si pensa che il nome Guaqui derivi dal canto di un trampoliere che vive nelle acque del Titicaca, il wacana: il suo verso è simile a un wac, wac, wac.

Guaqui è stato teatro di famosi avvenimenti. A pochi chilometri dal nucleo urbano, il 20 giugno 1811, le forze armate liberatrici della Spedizione ausiliaria dell'Alto partito dall'Argentina affrontarono l'esercito del vicereame del Perù nel fallito tentativo di liberare queste terre dal giogo coloniale. Pochi anni dopo, Mariscal Sucre passò di qui nella marcia trionfale verso La Paz.

In epoca recente, grazie alla ferrovia, Guaqui prosperò e divenne uno dei principali snodi di comunicazione della Bolivia. Oggi il recupero e la valorizzazione di questo patrimonio storico così importante sono ben visibili negli spazi museali allestiti nel paese.